V daleké budoucnosti byl v lidském mozku objeven psionický hormon, díky kterému mají lidé mimosmyslové schopnosti a který změnil svět, jaký známe. V okamžiku, kdy lidstvo vstupovalo do nové éry, se z nebes začali snášet vyšinutí a po lidských mozcích prahnoucí mutanti, přezdívaní Jiní. Vzhledem k jejich vysoké odolnosti vůči konvenčním útokům je nutné při ochraně lidstva před touto zákeřnou hrozbou využít extrémních prostředků. Naší jedinou nadějí na obranu před vyhubením se tak stali jedinci s extra bystrými mimosmyslovými schopnostmi neboli psionici. Těmito talenty vybavené lidi od té doby vyhledává a rekrutuje úřad Other Suppression Force (OSF), který se stal poslední linií obrany lidstva.
Díky duálnímu příběhu můžete začít své dobrodružství jako Yuito Sumeragi, energický rekrut z prominentní politické rodiny, nebo Kasane Randallová, tajemná vyzvědačka, jejíž schopnosti a dovednosti si v OSF získaly velkou pozornost. Jejich rozdílné zkušenosti se vzájemně proplétají a jedině díky tomu lze nahlédnout celý příběh hry SCARLET NEXUS a odhalit všechna tajemství, která v sobě skrývá „brain-punkový“ svět budoucnosti, rozkročený mezi pokročilými technologiemi a psychickými schopnostmi.
